¿Qué diferencia hay entre un Sello de Empresa y uno de Representante?

La diferencia clave es quién ejecuta la firma.

El certificado de Representante lo usa una persona física (humano) para firmar actas, impuestos o contratos. En cambio, el Sello de Empresa está diseñado para sistemas automatizados (servidores o software) para firmar documentos de forma desatendida, sin intervención humana.