¿Puede haber varios certificados de representante en la misma empresa?

Sí. Una misma empresa (mismo CIF) puede tener varios certificados de Representante activos al mismo tiempo, siempre y cuando estén a nombre de personas físicas distintas (es decir, apoderados distintos).

Lo que no recomendamos es compartir el mismo archivo y contraseña entre varios socios, ya que la firma digital tiene la misma responsabilidad legal que una firma manuscrita y no se podría repudiar quién ejecutó la acción.